Ashley et Henry, en voulant s'approprier des informations sur la Cabale, se font avoir par la sécurité du bâtiment. Dispersés chacun dans une salle spéciale, ils subissent tous deux des désagréments. En effet, les scientifiques de la Cabale s'occupent à réaliser des expériences sur Henry, en rapport avec son don, tandis que l'ancienne dirigeante, tente de mettre Ashley en confiance, lui offrant une canette de soda, se révélant être empoisonnée. Sous l'effet du poison, Ashley est dans l'incapacité de se défendre, et la dirigeante profite de cette faiblesse pour l'attacher, dans un laboratoire, où diverses expériences seront effectuées pour la "transformer" en une femme aux capacités de plusieurs phénomènes.

En se rendant à Bombai, Will devient malencontreusement le réceptacle d'un phénomène très connu, la Macri, une Arachné ayant un étrange lien avec Big Berta, un des phénomènes les plus dangereux de ce monde. Mais, au lieu d'entrer en contact direct avec la créature, Will fait la connaissance d'une jeune femme, Cali, qui n'est autre que celle qui dirige Big Berta, intérieurement. Cependant, un homme assoiffé de pouvoir, parvient à la récupérer afin d'en prendre le contrôle. L'homme, s'étant déjà entraîné pour ça, auparavant, parvient à maîtriser les gestes de Big Berta, provoquant un puissant Tsunami, qui prend une ville pour cible. Obligée d'évacuer, la population demeure finalement ravie que la vague ne termine pas son parcours, arrêtée par la force d'un Phénomène inconnu, la détruisant littéralement.

Après son ultime rencontre avec Cali, Will revient parmi les vivants, mais ne se souvient plus de ce qu'il s'est passé. C'est en déjouant l'attaque de Phénomènes, à l'apparence extra-terrestre, qu'Henry, avec l'aide de Tesla, réussi à reprogrammer la machine utilisée par ces phénomènes, en inversant son système. Grâce à cela, Will parvient à se souvenir de la dernière scène, rencontrant pour la deuxième fois, le père d'Helen Magnus, Grégory Magnus, qui lui livre un message codé. C'est grâce à ce code que l'équipe du Sanctuaire fait apparaître une ville immense, de taille réduite, dont ils apprennent efficacement les mystères.

Avec l'aide de Jekyll et Mr.Hyde, Helen et John récupèrent la pièce manquante, la Clé de voûte, permettant de dévoiler la position de souterrains ancestraux, menant à la Terre Creuse, encore inconnue de tous...

Le monde a bien changé depuis que les portes des deux univers se sont refermées. Le retour à la normale semblait possible mais ce n'était sans compter sur une menace dormante depuis des générations qui allait se réveiller.

Des personnes comme vous et moi se cachaient dans un eldorado, celui d'une terre secrète mais elles en avaient marre de rester dans l'ombre, de ne pouvoir profiter de toute cette planète et voyant les humains égoïstes, se faisant du mal. Ils avaient l'intention de remettre de l'ordre et envahir notre monde, commençant à éliminer notre système gouvernemental.

Ayant sauvé le monde d'un anéantissement total entre les deux univers, Olivia s'était retrouvée au coeur même de l'implosion, fermant les deux univers à tout jamais et perdant au passage ses pouvoirs dans cette bataille et même on aurait pu même dire la vie. Cependant, les dons obtenus grâce au Cortexiphan l'ont immédiatement fait revenir d'entre les morts la changeant quelque peu faisant d'elle une guerrière encore plus efficace qu'avant. C'est à son initiative que la section toujours sous la direction de Philip Broyles continue ses enquêtes sans se douter qu'il y avait pire qu'un autre univers comme ennemi.

La menace était encore dormante mais elle n'allait pas tarder à se réveiller faisant de notre monde un terrain de guerre.

Le combat était plus vigoureux que jamais. La guerre entre les deux univers ne serait rien face finalement à la plus grande tentative de contrôle de l'histoire depuis la Seconde Guerre Mondiale.